Die Handlung der dritten Staffel setzt an Elenas 18. Geburtstag ein, den sie ohne Stefan verbringen muss. Das Leben ihres Bruders Jeremy und auch ihr eigenes hat sich seit dem Tod ihrer Tante Jenna sehr verändert. Alaric ist zur Aufsichtsperson für Jeremy und Elena geworden. Währenddessen ziehen Klaus und Stefan durch ganz Nordamerika und hinterlassen in beinahe jeder Großstadt ein Blutbad. Elena findet heraus, dass sich Stefan in Tennessee befindet und überredet Alaric, mit ihr und Damon dorthin zu fahren. Sie finden heraus, dass Klaus plant, eine Hybridenarmee zu gründen. Das gelingt ihm aber nicht, da Elena nicht wie angenommen tot ist. Um Elena weiterhin vor Klaus versteckt zu halten, fährt Damon sie ohne Stefan zurück nach Mystic Falls.
Inzwischen wird Caroline von ihrem Vater Bill gefangen genommen, welcher diese in einem dunklen Raum fesselt und mit Sonnenlicht foltert. Er versucht, durch Folter das Grundwesen des Vampirs zu verändern. Caroline wird jedoch von Tyler und ihrer Mutter gerettet. Zur gleichen Zeit findet Stefan heraus, dass er Mitte der 20er eine enge Freundschaft zu Klaus und seiner Schwester Rebekah pflegte. Klaus jedoch löschte diese Erinnerung aus seinem Gedächtnis. Später erdolchte Klaus seine Schwester, erweckt sie nun allerdings wieder zum Leben, um von ihr zu erfahren, weshalb die Verwandlung der Werwölfe nicht funktionierte. Man erfährt, dass dies nur eine der Urhexen beantworten kann, wozu sie allerdings die Kette benötigen, die Elena am Anfang der Serie von Stefan geschenkt bekommen hat. Klaus sucht eine Bekannte von ihm, die mächtige Hexe Gloria, auf. Diese findet heraus, dass es sich bei dem Besitzer der Kette um den noch lebenden Doppelgänger handelt. Bevor sie Klaus jedoch davon berichten kann, wird sie unerwartet von Katherine ermordet.
Caroline hindert Damon daran, ihren Vater zu töten. Später trifft sich Bonnie scheinbar mit Elena, nicht ahnend, dass es sich hierbei um Katherine handelt, die ihre Kette zurückverlangt. Danach besucht Katherine Damon und weiht ihn ein, dass Klaus und Rebekah damals vor einem Urvampir und Vampirjäger namens Mikael geflohen sind. Mit Hilfe von Jeremy erfahren sie von Anna, wo sich Mikael befindet. Trotz Annas Warnungen finden Katherine und Jeremy ihn in einem Mausoleum. Es stellt sich heraus, dass er der Vater von Rebekah und ihren Geschwistern ist und sich nur von Vampirblut ernährt. Klaus jedoch ist nicht sein Sohn, da Esther, die Mutter seiner Kinder und Klaus', ihn damals mit einem Werwolf betrogen hatte.
Zur gleichen Zeit bringt Klaus Stefan und Rebekah zurück nach Mystic Falls. Klaus trifft auf Elena und wird vor die Tatsache gestellt, dass diese noch am Leben ist. Kurze Zeit später stellt sich heraus, dass ein Werwolf, welcher in einen Hybriden verwandelt werden soll, nach dem Tod das Blut Elenas trinken muss. Klaus verwandelt daraufhin Tyler. Außerdem manipuliert er Stefan wieder in den alten Ripper-Stefan, der keinerlei menschliche Gefühle besitzt. Elena wacht in einem Krankenhaus auf, während ihr Blut abgenommen wird, damit Klaus weitere Hybriden erzeugen kann. Damon eilt zu Hilfe und rettet sie.
Alaric bringt Elena bei, wie sie sich vor Vampiren schützen kann. Matt sieht immer noch den Geist von Vicki, welche ihn überredet, ein Ritual durchzuführen, das ihr erlaubt, wieder in seiner Welt leben zu können. Doch erst nach dem Ritual stellt sich heraus, dass Vicki einen Deal gemacht hat: Wenn sie Elena umbringt, kann sie für immer da bleiben. Mit Bonnies Hilfe verschwindet Vicki wieder auf die andere Seite. Doch dadurch gibt Bonnie unbewusst allen Geistern, die noch eine offene Rechnung mit jemandem haben, einen festen Halt. Tyler verspürt nach seiner Verwandlung Dankbarkeit gegenüber Klaus und eine Verpflichtung ihn zu beschützen. Elena erwischt Jeremy, wie er Anna küsst. Lexi, Stefans getötete Vampirfreundin, versucht mit Hilfe von Elena, Stefans Menschlichkeit wiederzufinden.
Bonnie und deren tote Großmutter, schaffen es, alle Geister wieder auf die andere Seite zu schicken. Mason zeigt Damon eine geheime Höhle mit Wandmalereien, die die Geschichte der Urvampire erzählt. Als sie noch Menschen waren, waren sie Nachbarn eines Dorfes, in dem nur Werwölfe lebten und eines Nachts wollten Klaus und sein kleiner Bruder Henrik sehen, wie sich die Werwölfe verwandeln, wodurch Henrik getötet wurde. Dieser Verlust machte Mikael besessen davon, seine Familie unverwundbar zu machen. Esther verwandelte die ganze Familie, außer sich selbst, zu Vampiren und besiegelte die Verwandlung mit dem Blut der ersten Doppelgängerin. Außerdem belegte sie Klaus mit einem Fluch, der seine Werwolfseite unterdrückte. Klaus brachte seine Mutter als Vergeltung um. Diese Neuigkeit verleitet Rebekah dazu, ihren Glauben an Klaus zu verlieren. Während Damon versucht, Stefan von Klaus' Zwängen zu befreien, treffen sie auf Mikael, der damit droht Damon umzubringen, wenn Stefan ihm nicht sagt, wo Klaus sich befindet. Stefan lockt Klaus zurück nach Mystic Falls, wo er umgebracht werden soll. Elena erdolcht Rebekah von hinten, damit sie ihrem Bruder nicht helfen kann. Der Mordversuch an Klaus geht jedoch schief und Mikael selbst wird getötet. Stefan rettet Klaus' Leben und im Gegenzug dafür entfernt Klaus wieder die Blockade von Stefan.
Als Rache für seine Taten stiehlt Stefan kurz darauf Klaus' tote Familie, um ihn dazu zu zwingen, dass er all seine Hybriden fortschickt. Klaus allerdings befielt Jeremy unter Manipulation vor einen fahrenden Wagen zu laufen. Noch am selben Abend überredet Elena Damon, dass er Jeremy manipuliert, so dass er die Stadt verlässt. Zusätzlich macht Elena mit Klaus einen Deal: Er soll Jeremy in Ruhe lassen und dafür gibt sie ihm Rebekah zurück.
Klaus schickt seine Hybriden auf die Suche nach den Särgen, was jedoch durch Bonnies Hexenkräfte scheitert. Stefan fährt mit Elena zur alten Wickery Brücke und gibt ihr sein Blut zu trinken. Er ruft Klaus an und droht ihm, dass er zusammen mit Elena von der Brücke stürzen will, wenn er seine Hybriden nicht fortschickt. Schließlich willigt der Urvampir ein.
Damon, Stefan und Bonnie versuchen einen der Särge aufzumachen, doch sie schaffen es nicht, da er mit Magie versiegelt ist. Gleichzeitig hat Bonnie Albträume und beschießt herauszufinden, was das Ganze zu bedeuten hat. Sie kommt dahinter, dass sie in ihren Träumen ihre Mutter gesehen hat und macht sich auf die Suche nach ihr. Allerdings hat einer von Klaus' Hybriden Bonnies Mutter zuerst gefunden und erpresst, Bonnie zu verraten, wo die Särge sind. Sie sagt es ihm, doch Damon konnte einen Sarg zuvor in den Höhlen in Sicherheit bringen. Außerdem zieht er den Dolch von Elijah wieder heraus. Bonnie und ihre Mutter versuchen den Sarg zu öffnen, in der Hoffnung, dass sich darin eine Waffe befindet, mit der man Klaus töten kann. Klaus versucht mal wieder Elijah für seine Zwecke zu missbrauchen, da zieht Elijah die Dolche aus all seinen Familienmitgliedern und versammelt seine Brüder und Schwestern wieder. Bonnie und ihre Mutter schaffen es derweil, den Sarg zu öffnen und finden dort Klaus' Mutter, Esther, vor.
Diese veranstaltet einen Ball, damit sie auf ihre Kinder ein Zauber legen kann, mit dem alle miteinander verbunden werden. Auf diese Weise wird Klaus sterblich. Esther versucht ihre eigenen Kinder umzubringen. Stefan und Damon müssen das verhindern, da Elena Elijah den Plan verraten hat und Rebekah Elena als Geisel hält und diese töten würde, falls Esthers Vorhaben gelingt. Also verwandelt Damon Bonnies Mutter in einen Vampir, damit Esther ihre Kraft für ihren Zauber nicht mehr kanalisieren kann. Der Plan misslingt also. Kurz darauf findet Damon mit Hilfe seiner alten Freundin Sage heraus, dass der Weißeichenbaum, der Baum, der Urvampire töten kann, wieder neu entstanden ist. Dessen Holz wurde benutzt, um die ehemalige Wickery Bridge zu bauen. Aus einem alten Schild schnitzen Stefan, Damon und Alaric zwölf Pflöcke. Sie töten Finn, einen Bruder von Klaus und hoffen, dass dadurch auch Klaus stirbt, da sie glauben, dass die Urvampire noch immer miteinander verbunden sind. Bonnie wurde in der Zeit jedoch gezwungen, diesen Zauber rückgängig zu machen. Damit erfährt Klaus jedoch von den Pflöcken. Als kurz nach Finns Tod auch Sage stirbt, wird offensichtlich, dass wenn ein Urvampir getötet wird, auch alle dieser Vampirlinie sterben. Somit müsste, wenn Klaus gepfählt wird, auch Tyler sterben.
Um heraus zu finden, ob Elena etwas für Damon fühlt, gehen die beiden nach Denver, um Jeremy aufzusuchen. Dieser kann durch seine Fähigkeiten mit Geistern zu sprechen, Rose kontaktieren. Sie versuchen herauszufinden, welcher Blutlinie Damon, Stefan und Caroline entstammen. Da Mary, die Vampirin, die Rose verwandelt hat, tot ist, können sie den weiteren Verlauf der Blutlinie nicht nachvollziehen. Esther verwandelt unterdessen Alaric in einen Urvampir. Den letzten verbleibenden Weißeichenpflock macht sie unzerstörbar und bindet Alarics Leben an Elenas. Somit will sie sichergehen, dass er alle Urvampire tötet und stirbt, wenn Elena es tut und die Welt für immer vampirfrei ist. Allerdings will Alaric die Verwandlung nicht fortsetzen. Esthers Geist dringt jedoch in Bonnies Kopf ein und somit gibt sie Alaric Blut, damit er weiter lebt. Als Klaus herausfindet, was Esther plant, entführt er Elena und will sie ausbluten lassen, damit er weiterhin Hybriden erschaffen kann. Stefan und Damon retten sie jedoch und schließen Klaus lebend in einem Sarg ein, weil sie vermuten, er habe ihre Blutlinie erschaffen. Daraufhin wollen sie den Sarg verstecken.
Elena bricht auf Grund des hohen Blutverlusts zusammen und wacht später im Krankenhaus auf. Stefan kehrt sofort nach Mystic Falls zurück, um auf Elena acht zu geben. Elijah kommt ebenfalls und schlägt einen Deal vor: Klaus' Körper und alle Urvampire werden für immer aus Mystic Falls verschwinden. Elena willigt ein. Als Damon Rebekah jedoch den Sarg mit Klaus übergeben will, taucht Alaric auf und rammt den Pflock in Klaus' Herz. Matt hat Elena inzwischen in sein Auto verschleppt und versucht sie aus Mystic Falls zu bringen, weil es dort zu gefährlich für sie ist. Die anderen Vampire gehen nun davon aus, dass ihre Blutlinie nicht durch Klaus entstanden ist, da sie alle noch am Leben sind. Caroline und Tyler sagen sich Lebewohl, da Tyler dies nicht betrifft und er sterben muss. Kurz darauf sieht man Bonnie, wie sie mit Tyler spricht, der überraschenderweise noch lebt. Es wird klar, dass sie Klaus in Tylers Körper eingeschlossen hat, damit ihre Freunde überleben können. Matt und Elena stürzen von der Wickery Brücke auf dem Rückweg nach Mystic Falls, als Rebekah sich auf die Fahrbahn vor sie stellt. Stefan taucht auf und will Elena retten, doch sie gibt ihm zu verstehen, Matt zuerst heraus zu holen. Elena stirbt in dem Auto, wodurch auch Alaric stirbt. Daraufhin gehen Stefan und Damon an Elenas Totenbett. Dr. Fell erzählt Damon bei seinem Eintreffen jedoch, dass Elena bei ihrem früheren Krankenhausaufenthalt Vampirblut bekommen hatte und nun als Vampir wieder aufwachen wird. Die Staffel endet damit, dass Elena ihre Augen aufschlägt und tief Luft holt.
Vierte Staffel
Thema: Dritte Staffel ( Achtung Spoiler!) 